荆扬对峙
枋头失利、惨败而归后，桓温将失败的愤怒转移到袁真身上，他认为，如果没有袁真的畏懦不前，晋军损失不会如此之大。
袁真不这样看，他觉得同是败军之将，桓温没资格审判自己。加之晋军新败，实力大减，袁真不再惧怕桓温。他经营寿阳多年，还可以联结北方的燕、秦军，做殊死一搏。
袁、桓二人，是士族中典型的小人之交。伐燕前，袁真把自己的三名妓女（善歌舞的女子）阿薛、阿郭、阿马送给桓温。就在北伐刚开始时，阿马为桓温生下了幼子桓玄。①
如今，暴怒的桓温发兵包围寿阳，在北方燕、秦军压力下围攻一年多，其间燕国覆灭，袁真病死，他的儿子们继续坚守寿阳。
371年正月，二万秦军进抵淮水北岸，遭到桓温部迎击，败退北归。桓温终于攻克寿阳，他命令将袁真诸子押赴建康处决，又活埋了数百名袁氏亲兵泄愤。
北伐失败，桓温名望顿减。此时，他弟弟桓豁为荆州刺史、桓冲为江州刺史，仍盘踞长江上游，控制着东晋半壁江山。桓温不甘心就此退回上游，但又不知下一步如何举动。
攻克寿阳似乎为他挽回了一点声誉。他问郗超：“此次大胜，是不是雪了我枋头兵败之耻？”
郗超回答：“那些有见识的朝臣，恐怕还没有完全心服。”
桓温陷入迷茫。一夜，他踱步到郗超的宿舍，两人对榻而卧。根据士族上层流传的“掌故”，两人对话如下：
郗超早就知道桓温的心事，试探问：“明公是不是有什么忧虑？”
桓温当即反问：“你有什么见解？”
“明公现在身当天下之重任，也容易受到天下人的求全责备。事今至此，只有行朝廷废立大事……”
郗超的建议，是要桓温废黜今帝司马奕，改立司马奕的从祖父、为相执政已二十余年的司马昱。
二十余年来，桓温控制荆州，司马昱控制扬州，两人既有协作，又有争竞。要看清两人处境及关系，需要从晋朝的州、军制度说起。
自汉末以来，地方行政为州、郡、县三级制。当时地方军、政合一，各州都有自己的军队；州刺史既是行政长官，也是军事首长，兼带三品或四品将军名号。州兵大都是贱民身份的世袭兵户，只服从本州刺史调遣。州下属的各郡也是如此，但郡军规模远小于州军。
州郡有兵，为何能听从朝廷调遣？因朝廷有中央禁军，规模最大，装备最精，战斗力远胜各州军，所以中央集权能够维持。但在西晋末年，石勒、刘渊叛乱，中原混战饥荒，权臣司马越、太尉王衍擅自带禁军主力出洛阳觅食，结果在谯郡被石勒武装包围，全军覆没。
从此之后，东晋朝廷再无能力组建一支称职的禁军，中央集权因此一直难以确立。战乱使各州纷纷扩充军队，加之州府向百姓征收粮赋，可以优先供养本州军队，有富余才上缴朝廷，便出现东晋一朝各州相对独立的局面。当时的州刺史又都出身士族门阀，他们维系贵族门阀政治的基础，正是这种州军体制。
东晋州权坐大，直接后果是荆、扬二州对立。
东晋偏安淮河以南，最重要的经济区域是长江流域。当时岭南闽广地区还欠开发，民户稀少，贡赋有限。长江流域，最初只分为荆、扬二州，后逐渐分割出江、徐、豫等州（或侨州），但这些新州实力有限，政治中心仍是荆、扬二州。荆州居中上游，治所在江陵。扬州处下游，治所在建康，建康也是东晋都城。
东晋诸帝多幼年登基，或者寿命短促，皇权不振，朝政由门阀权臣掌握。执掌朝政的关键是控制尚书省，“录尚书事”（主持政务院日常工作）。所谓“朝廷”，能切实掌控的地区只有扬州周边，因其近在畿下，录尚书事的宰相可以亲自兼任扬州刺史。
荆州地处长江上游，一旦刺史在任稍久，权威确立，就很容易形成独立态势。荆州除了地域广阔、资源丰富，还有就是北境襄阳，和北方政权相邻，战争频繁；荆州的长江、汉水之间是山林蛮族聚居地，州府和他们也常发生战斗，这两方原因为荆州也锻造了一支富有战斗力的荆州军。后来襄阳建立了侨立的雍州，主要由关中逃难来的流民组成，雍州在军、政两方面都受制于荆州，经常是荆州的附庸势力。
南方王朝在长江下游的建康立国，很大程度是考虑上游缴纳的财粮能顺流而下，运输便利。东晋南朝长江行船，从来都是粮食自上游运往下游，极少有逆流上行，这已成为船运惯例。
长江顺流而下，交通便捷。东晋有位名士担任荆州刺史，乘风顺流而下，曾朝发寻阳（今九江市），暮至建康，一日千里。正如李白诗中所言“朝辞白帝彩云间，千里江陵一日还”。但如果荆州刺史与朝廷关系恶化，荆州军也很容易顺长江而下，进逼建康。东晋刚建立时就发生过一次这种情况：当时的荆州刺史王敦一举击败禁军，占领建康，大肆诛杀异己。
如今桓温坐大荆州，进而控制扬州，与当年王敦所为如出一辙。
扬州是户口繁盛的富庶之地，但州军战斗力素来较弱，主要倚靠南迁的徐、豫两个侨州。中原沦陷后，淮河以北的汉人大量南迁，进入扬州境内。但他们仍旧保留着北方的宗族组织和户籍，因此扬州的东北角被割给了南迁的徐州，治所通常在京口；西北角割给豫州，治所寿阳。这两州都是北方流民，又与敌境接壤，战争频繁，州军战斗力强，是拱卫朝廷和扬州的屏障。
东晋防范北方的战线，东线即为徐州，中线为豫州，西线为荆州或雍州。随着战局的变化、战线的推移，徐、豫两州辖境及治所也有变动，但大体范围基本稳定。
徐、豫二州辖境小，又处在四战之地，财粮收入有限，需要扬州的经济支持，刺史在政治态度上，也大都服从朝廷（扬州）。朝廷北抗戎虏、西防荆州，主要是靠这两州兵力。当然，徐、豫两州刺史也未必全甘心服从扬州朝廷，他们偶尔也会起兵南下建康，为荆扬之争增加了变数。
废立之谋
桓温此次北伐前已经兼任扬州牧（州牧职权类似刺史，但更荣耀），调走郗超父亲郗愔，控制了徐州，败归后灭袁真占据豫州，两个弟弟又控制着江、荆二州，举国已尽属桓氏。
但整个门阀阶层，除了郗超一个人，现在都站在桓温对立面。桓温年已六旬，经常病重，万一撒手西去，那时他的弟弟和儿子们未必能控制局面，难免会被排挤出局。
高处不胜寒，桓温无计可施之时，郗超建议他废黜现帝、改立司马昱正是一个侧面突破的途径。
桓温、司马昱当初是政治同党。他们年轻时，控制晋朝大局的是庾氏家族三兄弟（亮、冰、翼），司马昱和桓温都曾受庾氏提携。二十五年前的345年，庾氏三兄弟相继病死，司马昱开始录尚书事、掌控朝政。庾翼病逝时曾留下遗嘱，希望自己儿子继任荆州刺史。司马昱和其他士族不甘继续生活在庾氏阴影下，于是调桓温赴任荆州，两人在驱逐庾氏势力上达成默契。
桓温制服庾翼诸子、掌控荆州之后，尤其是平蜀后，声望和势力膨胀，荆、扬两州隐隐又成对峙之势。司马昱招徕了多位士族名士担任扬州、豫州、徐州等刺史，支持他们在东线和中线北伐，希望以此建功来制衡桓温。但士族怯懦猥琐的个性被这些名士们发挥得淋漓尽致，一次次北伐都以惨败告终。最后的结果，就是桓温打着北伐前燕的旗号顺江东下——因为伐燕必须从东线进军——轻而易举控制扬、徐诸州，执掌权柄。
二十余年来，司马昱和桓温从协作到对峙，从未爆发正面冲突。对他来说，在桓温拥立下称帝也不是最坏的选择，因为作为大臣，他已经没有抗衡桓温的筹码，如一旦身居帝位，倒有可能在朝中名士的支持下，以不变应万变。毕竟桓温已经六十岁了，司马昱才五十一岁。而且帝位的诱惑太大，即使有风险，也值得一赌。所以温、昱二人各怀鬼胎，一拍即合。
370年底，桓温从广陵来到建康，废黜司马奕，拥立司马昱即位，是为东晋简文帝。司马奕被押到一所王府终老。温、昱两人当年排斥过庾氏后人，此时三庾中的庾冰诸子都已长大成人，最受桓温忌惮，除了一名与桓氏家族有姻亲而幸免，其余六人或自杀或被处死，他们的子孙也都未能幸免。
桓温在江东已是举目无敌。但冥冥中似乎仍有什么与他作对。
民间传说，被桓温灭门的袁真诸子中有一子袁双，他在建康被处死后，尸体忽然失踪。此后他屡次在京师显灵，要人们为自己立庙祭祀。开始人们还觉得荒谬，但建康城所在的丹阳县境内开始老虎成灾，连续有人被虎咬死。死者的家人都会梦到袁双催促建庙。于是丹阳县百姓私自为袁双建立庙宇，每年二月的最后一天聚会祭祀，祈求平安。①
桓温不愿久住建康，他命人在建康上游百余里处的姑孰修筑了一座新城，带着部属、军队搬去居住。这里上接他的根据地江、荆二州，下可号令建康、遥控朝廷。
但虎的诅咒依然追随到姑孰，挥之不去。桓温军中不断有人被虎捕食，以致入夜后人们都躲进军营不敢外出。幕府中有名何姓参军①，晚上不敢出门，在板壁上开了个洞方便。一个夜间，他走到板壁旁小解，一只虎突入咬烂了他的下体，参军当场身死。②
在桓温的阴影中，司马昱小心翼翼生活了一年半，然后一病不起。虽然他已有两个儿子，但一直没敢指定太子，没有桓温的意见，他不敢安排后事。
他希望当面见到桓温，听到桓温的保证。或者，即使桓温想在他身后篡晋即位，他也想当面嘱托桓温，希望能保全自己的孩子。
司马昱口授了给桓温的诏书：“吾病已重，足下立刻动身前来，望能最后相见一面。速来，速来！”对桓温，他甚至不敢自称“朕”。
一日一夜之间，四道催促桓温入都的诏书发至姑孰。桓温却犹豫不敢动身。他不是怕建康有什么阴谋，以他现在的实力，无人敢动意加害于他。他是怕单独面对司马昱，怕碍不住脸面、许下自己不想遵守的承诺。
桓温的不臣之心已是四海皆知。士族间流传的说法，桓温曾卧榻叹息：“如此寂寞无为，将被司马师、昭兄弟耻笑！”旋即又坐起道：“既然不能流芳后世，难道不能遗臭万年？”
司马师、司马昭是司马懿的儿子，曹魏末年的权臣。在时人看来，桓温离废晋称帝只有一层窗纸的距离了。
但桓温每次面见司马昱时，总有种莫名的紧张愧疚。前年废黜司马奕、推戴司马昱时，他已经拟定好了腹稿，陈述自己此举的正义与伟大。但司马昱在朝堂登基时伤心落泪，竟让桓温心愧口吃，一句话都没说完整。①
病重的司马昱等不到桓温，便立十岁的儿子司马昌明为太子，他留遗诏给桓温说：如果这个孩子值得造就，就请辅佐他；不然，便请阁下取而代之。
出自太原王氏的侍中王坦之负责传达诏书，他看后深为不满，拿到司马昱病榻前撕得粉碎，说：“当今天下，是晋朝列祖列宗所传，陛下怎能私自送人！”司马昱又让王坦之改为：“朝廷大事都要禀报大司马桓温，如同诸葛亮、王导为丞相辅佐幼主先例。”当天，司马昱驾崩，诸臣奉太子司马昌明即位，为晋孝武帝。
得到遗诏，桓温大失所望。他本指望司马昱能将帝位禅让给自己，他在写给弟弟桓冲的信中抱怨：“遗诏不过是让我遵循诸葛亮、王导的先例！”
孝武帝年幼，朝中主持政务的主要是谢安、王坦之、王彪之三人。王彪之是老名士，出自琅琊王氏，他和谢安共同控制尚书省；王坦之主持中书省。谢安、王坦之都曾在桓温幕府效力，如今，他们是整个东晋士族阶层抗衡桓温的希望。
士族
中国从秦代到汉代，都是皇权独尊。皇帝是王朝唯一的主人，天下的一切都属于皇帝。在皇权之下，又建立起一整套完备的中央、地方行政制度和官僚制度。全国划分为一百多个郡、一千多个县。郡以上，又逐渐增加了州一级，全国划分为十多个州。
到东汉，进入官员序列最重要的途径，是先在地方郡、县担任小吏，他们由地方官选拔，对地方官负责，所以称为属吏。属吏逐级升迁，得到郡太守认可之后，会以“孝廉”或者“秀才”的名义推荐给中央，成为备选的正式官员。没有担任过属吏但有文化的人士，也可以被地方官直接推荐给朝廷。不管通过哪种途径，都要参加中央的统一考试，合格者才能成为正式官员。
各地都会有一些非常富裕的大家族，汉代人称他们为“豪强”。他们的子弟有条件接受文化教育，能很方便地进入地方政府担任属吏，然后等待进入正式官员队伍的机会。但皇帝对这些家族一直保持警惕。中央设置的考试制度，就是防范家境优越但才能欠缺者混进官僚队伍。汉代地方官的一项重要任务，就是抑制、打击那些势力过大的豪强家族。这种打击有时十分血腥：一个大家族的数百名成员被全部逮捕，成年男人被处死，女子和儿童成为苦役犯，家产被充公。在汉代，勇于“搏击豪强”是地方官的重要政绩。
东汉末年，黄巾起事天下大乱，宫廷又因为文官和宦官的互相杀戮而陷入内乱，并州刺史董卓乘机劫持朝廷。各地官员联合起兵反对董卓，之后又互相混战。这些动乱是地方豪强扩大影响的好机会。他们有大量宗族成员和家丁奴婢，宅墙高大坚固，粮储丰富，可以组织起小规模的武装，在乱兵中自保。门户单薄的百姓，自愿或被迫向豪强献出自己的土地和人身权，换取他们的保护。州郡的地方官们（正在形成中的军阀）也需要这些人支持，建立地方武装。活动在中原的曹操、袁绍、刘备，南方的孙策、刘表、刘璋等军阀，都要争取地方豪强的支持。
曹操在混战中统一北方后，努力将这些支持过自己的豪强大族和官僚机构结合起来，承认他们的一些特权，同时也希望他们服从自己的权威。大族成员相继进入了中央政权，成为高级官员。
随后几十年内，先有曹丕废汉朝、建立魏朝。继之是司马懿和他的两个儿子掌握曹魏政权，最后是司马懿的孙子司马炎终结魏朝、建立晋朝。这两次改朝换代，都是权臣篡位，采用和平“禅让”的形式：早已被架空的皇帝被迫宣布，自己的王朝天命已去，应该仿效尧、舜、禹相继让贤的方式，交给众望所归的贤人建立新朝。新王朝为了犒赏群臣的配合和拥戴，就再给他们更多的特权。这些人已经足够富裕，他们最需要的不是财产，而是子孙后代能够继续做高官的保障。
于是有了“九品中正制”：所有士人——所有正在做官和有可能做官的人，被划分成九个品级。对于还未做官的人，这个等级将决定他起步官职的高低。第一品最高，理论上属于完人和圣人，所以永远空缺；第二品是事实上的最高一级。再以下的各品之间，是量的区别；它们和二品则是质的区别。
这个制度是曹丕创制的。随着高级官员们的努力争取和皇帝对他们的笼络收买，这种制度的核心变成了区分家族等级：每一个官员家族的“品”被都固定下来，他们的子孙后代也永远属于这一品，“士族”阶层由此产生。所以士族的本意是凭借品第可以世代做官的家族，真正的士族都是二品家族。在司马氏的晋朝，一个原本低于二品的士人想进入这一等级，需要获得皇帝的赏识，或者士族官僚队伍的一致认可，成功者近乎凤毛麟角。
即便想通过伪造档案和贿赂提高等级也很难成功。当过高官、享有盛誉的头等士族负责执行这一制度，他们被任命为“中正官”，负责自己家乡州郡士人的品第评定——其实品第已经世袭，不需要评定，他们要做的，就是给那些新成年的士族成员建档，写下已成俗套的评语，然后抄送副本，交由朝廷保存。
评定二品家族的参照标准，是在这项制度固化时所有的当朝高官制定；其次是按照地域原则，每个郡有数个二品名额，分配给最有势力的家族。数百个家族由此垄断了从朝廷到地方的整个官僚队伍。因为家族品第和地域的联系，他们很重视自己的籍贯，习惯将家乡郡名放在自己姓氏之前，这就是“郡望”。即使已经在京城定居数代，他们依旧认为自己是博陵郡人、陇西郡人或者陈郡人。
这种垄断政权的士族，当时用另一个词“门阀”指称。阀的本意也是门，街道两侧都有半掩的院门，门内是家庭，家庭的职能是繁衍子孙后代。世代相承的家族便是当时的门阀。至于士族子弟进入官僚队伍后的升迁速度，则由家族势力、运气、能力等因素的合力决定，因为官职本身不能世袭，能世袭的是进入各级官僚队伍的资格。
对于晋朝的开国皇帝司马炎来说，他不得不靠这种制度收买整个士族阶层，换取他们对自己无耻篡位的支持。但他会警惕再产生和自己一样的权臣，因此不能把国家的权力都交给士族。司马炎的对策是重用自己的儿子和宗族成员。司马宗室诸王被授予“都督”（全称是“都督某地诸军事”）职衔，分派到全国的重要地区驻扎，掌握兵权。这不再是秦汉时皇帝一人独掌万机、指挥整个官僚机器，而是皇帝家族——第一家族——共同控制国家。这也算是士族政治的一种逻辑延伸。
西晋朝数十年间，特别是280年灭吴统一全国以后，皇室、宗王和士族官僚在奢靡腐败中堕落，没人关心行政效率和社会是否公平，他们集体投入到瓜分天下财富的狂欢和争夺之中。司马炎选择的太子、后来的晋惠帝是个傻子；掌握兵权的其他宗室诸王，智力也大都不高。所以惠帝即位后，宫廷首先被密谋倾轧和杀戮搅得一团乱。各地的诸王也相继卷进来，一次次带兵进入洛阳厮杀、混战，战火随之蔓延到整个中原大地。这就是所谓“八王之乱”。
八王之乱中，匈奴人刘渊、羯人石勒乘机起兵。司马宗室在战乱中大都被杀死。仅石勒在311年的一次战役中，就俘获杀死了三十六位宗王。两位司马氏皇帝相继被匈奴人俘虏、杀死。北方落入匈奴、羯、鲜卑等族的统治下。北方士族纷纷南下避难，他们拥戴驻扎建康的琅琊王司马睿称帝，建立起偏安江南的东晋。经过这一番动荡，皇帝和宗王权力大大削弱，朝廷和各州政权都落入了士族高门之手。
士族之间也有竞争，但他们不允许皇权独尊，江东政治就在士族高门的暗斗与妥协间保持着微妙平衡。
但这种平衡并不稳定。南渡后数年，控制荆州的王敦就有问鼎之心。他曾两度起兵进入建康，独掌朝政。这种一家独大威胁到了其他家族利益，所以第二次起兵时，王敦受到了各家族的联合对抗，身死兵败。而到现在，桓温隐然已成了第二个王敦。士族还能不能保住他们共和共治的江山？
觊觎与消磨
司马昱死去半年以后，桓温率部来到建康。他声称此行是来朝见新即位的皇帝，十一岁的司马昌明。谢安、王坦之带领朝廷百官到建康城南的新亭码头迎接。此时建康已是人心惶惶，传言桓温要杀尽朝臣、代晋称帝。
谢安是当时名士领袖，他没有任何对抗桓温的实力。但谢安曾在桓温幕府任职，熟悉桓温的为人。他知道，如今应对桓温，必须要撑住朝廷身份，不然，满朝文武的畏惧伏拜，会滋长桓温的骄横，萌生觊觎神器之心；但又要有理有据应对，不给桓温任何翻脸的机会和借口。
桓温下舟之时，百官都在道侧迎拜。宴会上，荆州军队重重林立，朝臣都战栗失色。王坦之大汗沾湿衣服。唯独谢安谈笑风生，甚至临席赋诗，和桓温酬酢唱答，显得若无其事，一切照常——这也意味着，天地运行、人间君臣之礼仍然照常，不宜摇撼。
据说桓温已经和郗超拟好了一份准备诛杀的朝臣名单。他邀谢安、王坦之密谈，将名单丢给二人。谢安看毕无言，王坦之则丢还桓温案前，只说一字：“多。”①
王、谢二人并非不惧桓温，他们只是强打精神，避免引发桓温野心。但对桓温的谋士郗超，他们则是全力讨好，以便保全自己与朝廷。两人曾一起拜访郗超，结果等到中午仍未获得接见。王坦之打算返回，谢安劝他：“就不能为性命再忍片刻？”
桓温已经努力鼓足了篡位的勇气，然而面对王、谢强撑门面的姿态，却不知该如何撕破脸面。到建康不久，他就得病不起。流言说，这是在桓温拜祭简文帝陵时，那些被他诛杀的士族鬼魂进行了报复。在建康停留十四天后，桓温返回了姑孰，此后病势日加沉重。
他感到自己时间不多了，示意朝廷授予自己“九锡”。“九锡”是皇帝赐给功勋大臣的特殊待遇，包括官服、车辆、斧钺等。经过曹氏篡汉、司马氏篡魏，权臣“禅代”已经有了一套固定程序，加“九锡”几乎是篡位的固定前奏曲。
朝廷诸臣对桓温不敢有否定意见，只能拖延时日。王、谢让袁宏起草给桓温加“九锡”的诏书。袁宏此时在尚书省任职，很快完成草稿交给谢安。谢安每次都提出一点意见让袁宏修改，如此往返多次，历经数十日。袁宏不解，悄悄向王彪之询问。王彪之解释：传闻桓温病情加重，在世的日子不多，可以拖延观望。
返回姑孰四个月后，桓温病死，时年六十二岁。朝廷名士终于松了一口气。晋朝的天下——士族的天下保住了。
桓温本已立世子桓熙继承爵位，但桓熙与叔叔江州刺史桓冲不和，被桓冲废黜。五岁的幼子桓玄继承了桓温的南郡公爵位。
桓氏家族仍控制着东晋诸州：桓豁一直是荆州刺史，现在桓冲接替桓温的扬州、豫州刺史，江州则转给桓豁之子桓石虔。
但桓冲没有哥哥的野心，他深知，桓温在世时结怨太多，权势已非人臣所能堪，桓氏家族现在需要的是从高峰慢慢走下来，而不是猛然间摔得粉身碎骨。次年，他辞去扬州刺史，将此职让给谢安，自己赴任徐州刺史。
两年后，桓豁病死，荆州刺史空缺，桓冲由徐州调任荆州。至此，桓氏家族又回归了上游荆、江二州。
谢安侄子谢玄任兖州刺史，镇广陵，与谢安的扬州连为一气，长江下游尽入谢氏家族麾下。荆、扬两大势力，又回归到相对缓和的并立状态。
但北方的战云又在聚集，东晋即将迎来新一轮灭国灾难。