广东协和神学院前身是广州协和神学院(Canton Union Theological College)，广州协和神学院创立于1914年，由美国长老会、加拿大长老会、新西兰长老会、英国伦敦会、美国公理会、美国同寅会、英国圣公会及英国循道会八个差会,以及中华基督教会广东协会、中华圣公会华南教区和中华基督教循道公会华南教区三大公会，先后加入，联合兴办，故取"协和"（Union）之意。后来两广浸信会联会、粤赣信义会总会、崇真会总会和礼贤会总会加入，曾一度成为岭南大学的一个学院，称“岭南大学协和神学院”。1960年停办，1986年复办神学院，为表示对神学院的历史传承和服务广东教会的宗旨，故取名为：广东协和神学院(Guangdong Union Theological Seminary)。
我院1986年初设于广州市东山堂内，1994年迁至于沙面原圣公会主教楼，2001年11月30日迁入现址，广州市白云区东平村新校园，建筑面积约10000 ㎡。现有教学楼、图书馆、学生宿舍楼、食堂、演讲厅等建筑物。
学院复办时为两年制专科，目的是以最快的速度为教会培养传道人。后改为三年制专科，目的是为教会培养素质高一点的人才。2009年8月被国务院民宗局批准为本科院校，培养适应教会需要的教牧人员。
神学院图书馆的藏书有近四万本书，一万多种，还有十万多册的电子图书，采用当前世界比较先进的图书管理方法。
神学院现有专职教师十三位，其中获得博士学位者四位，其余都具有硕士学位，当中有两位是在读博士。行政后勤员工二十位。目前我院专科、本科两者学制并存，从复办至今，我院一共培养了1154位毕业和结业的学生。本院2017学年学生约180人，延伸班学生约90人，圣乐班23人。
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